Olá, agra.
Este tipo de unificação vai além dos dados no banco de dados. Presumimos que você ou alguém de aplicação já tenha parametrizado esta para entender que existem duas empresas, clientes, vendas distintas, balanços, etc.
Fora a questão da aplicação, se a estrutura de dados for idêntica em ambos os bancos, a melhor forma de transportar dados seria através do Data Pump, utilizando expdp para extrair somente os dados e depois impdp para importá-los.
Não esqueça de fazer a análise de capacidade da base unificada, para que possa suportar ambos os ambientes.
Abraços.
caadecarvalho