Já usei a release 4.0.x e é uma versão bem bugada do SQL Developer. Lembro que ocorriam falhas inacreditáveis, fora as deficiências.
Atualmente eu utilizo a 4.1.3.20. Você pode baixar diretamente do site da Oracle. Garanto que está bem mais estável e menos bugada do que a que está usando.
Sobre o fato de isso ocorrer também no PHP, é bem estranho. Já tive a oportunidade de desenvolver várias aplicações em PHP , conectando ao banco Oracle via OCI e nunca vi algo parecido.
Verificou os logs da aplicação PHP para ver se não são problemas distintos que ocorrem, com o mesmo sintoma ?