Provavelmente este problema esteje ocorrendo devido a falta de grant para o usuário com que você está conectando no portal.
Para verificar isso faça o seguinte:
1 – (No Administrator) Vá em Ferramentas -> Segurança
2 – Escolha a primeira aba Users –> Business Area
3 – Selecione o usuário com que você conecta no discoverer desktop
4 – Verifique se a área de negócios está selecionada para este usuário.
Obs.: Lembre que se o usuário tiver grant da BA do discoverer, mas não tiver grant das tabelas ou Role, as estruturas irão aparecer, mas a consulta não irá retornar dados.