Fala Mpungan,
Como todo projeto de software, tem que levar em consideração a segurança ao ser planejado e implantado. Levando em conta o ambiente, aplicabilidade e etc..
Por exemplo se você vai colocar o serviço hospedado na internet aberto e disponível sem usar nem ao menos usar o HTTPS é um risco elevado de sofrer a captura e acesso as informações contidas nos pacotes.
Na maioria das aplicações para web sofrem dois tipos muito comuns de vulnerabilidade:
SQL Injection e Cross Site Scripting.
Como a maioria das aplicações web (Incluindo o APEX) além do desenvolvimento em si tem que levar em conta a manutenção(DB, Servidor e etc..) se as atualizações de segurança estão em dia incluindo a versão do APEX atualizada.
Existe um blog (em inglês) que fala sobre as vulnerabilidades:
http://apexsec.blogspot.com.br/
Att,
Ivan.